仮想ファイルシステムを使用する大きな利点は、フォルダーを物理ファイルシステム（またはネットワーク）のどこからでもマウントでき、さまざまな方法で組み合わせることができることです。
CompleteFTPは、強力な仮想ファイルシステムを持っています。

CompleteFTPファイルシステムは、ビジネスに合わせて「カスタマイズ」できます。
CompleteFTPは、次のフォルダタイプがサポートされています。

• Windowsフォルダー（標準のWindowsフォルダー）
• Windowsの特別なフォルダ（マイドキュメントなどのフォルダ）
• ネットワーク/マクロフォルダー（UNC [ネットワーク]フォルダー、またはマクロが展開されたフォルダー）※これらは無料版ではサポートされていません。
• ゲートウェイフォルダー（リモートFTP / FTPS / SFTPサーバーからマウントされるフォルダー。※これらはエンタープライズ版のサポート）
• エンタープライズ版では、カスタムフォルダータイプとファイルシステム拡張の開発がサポートされています。

CompleteFTPでは、独自のマクロも利用できます。これらのマクロは、仮想ファイルシステム内の任意のフォルダーの名前に挿入できます。 これが役立つ一般的なケースは、自動Windowsユーザーのホームフォルダーの名前を設定して、ユーザー名がログイン時に表示されるフォルダーの名前と一致するようにすることです。

各フォルダーは、Windowsディレクトリレベルで独自のアクセス許可が割り当てられているWindowsフォルダーとは独立して、仮想フォルダーのアクセス許可を設定できるだけでなく、さまざまなアクセス許可で構成できます。 Windowsアカウントを介してログインするユーザーのアクセス許可は、オプションでWindowsによって制御される場合があります。