CompleteFTPは、サーバーのクラスタリング、フェイルオーバー、冗長性、および負荷分散に対応します。 これはらは、エンタープライズ版のみで利用可能です。

CompleteFTP エンタープライズ版は、クラスター全体で同期されたサーバ構成を提供します。最も適切なアーキテクチャは、アクティブ/アクティブクラスターのセットアップです。 CompleteFTP Managerの単一インスタンスは、クラスター内のすべてのサーバーを制御できます。

CompleteFTPは、サーバー間の構成変更の同期を担当できますが、ほとんどのシステムは共有ネットワークストレージを使用するため、ハードディスクドライブ（HDD）上のファイルは同期されません。