CompleteFTPの全てのグレードは、オンプレミス以外にもWindows Azure、Amazon Elastic Compute Cloud (EC2)などのクラウドサーバ上のWindowsへのインストールもサポートしています。（システム必要条件）
CompleteFTPの管理ツールは、リモートアクセスにも対応しています。

また、CompleteFTP エンタープライズMFTは、Microsoft AzureやAmazon Web Servicesなどのクラウドサービスへのインストールに加えAzure Shareフォルダー、Amazon S3バケットを仮想ファイルシステムにマウントできます。詳しくはこちらをご覧ください。