Enterprise MFTは、さまざまなサービスをすぐにサポートします。Active Directory（AD）ユーザーはシームレスに統合され、Azureファイル共有とAmazon S3バケットの両方がファイルシステム内のフォルダとしてマウント可能です。

Enterprise MFTは、非常に柔軟なカスタム統合にも対応しています。ユーザーは、外部データベースを介して認証したり、外部システムを使用する独自のカスタム.NET認証エクステンションを作成することもできます。また、拡張機能を使用して、外部システムからの読み取りと外部システムへの書き込みを行うファイルシステムを作成することも可能です。これらは、.NETまたはJavascriptでプログラムすることができ、開発者はビジネスに特化した方法でCompleteFTPの能力を拡張することができます。